Включаем InnoDb под Linux

Открываем /etc/my.cnf

Добавляем

[mysqld]
# InnoDB settings
innodb_data_home_dir = /var/lib/mysql/
innodb_data_file_path = ibdata1:100M:autoextend
set-variable = innodb_buffer_pool_size=100M
set-variable = innodb_additional_mem_pool_size=10M
innodb_flush_log_at_trx_commit=1

Убираем skip-innodb.

Перезагружаем - пользуемся.